fluorescentfungi

fluorescentfungi

fluorescentfungi

Each year more than 25.000 people die in the European Union of infections with multidrug resistant bacteria and they result in 2.5 million extra hospital days and costs of more than 900 million €. The development of novel antibiotics is therefore of high priority in the Danish Ministry of Health. Filamentous fungi offer a rich source of natural bioactive secondary metabolites, including the antibiotic blockbusters penicillin and cephalosporin and it is therefore obvious to turn to filamentous fungi to find new antibiotics. However, only ~20-25 % of the potential secondary metabolites are produced under laboratory conditions, probably due to a tight regulation in response to special conditions encountered by fungi in their natural habitats. The overall aim of the project is to identify novel antibiotics by activating silent gene clusters in Fusarium graminearum and F. solani. 

Danish Project Description

Hver år dør mere end 25.000 mennesker i Europa på grund af infektioner med multiresistente bakterier, der ikke længere kan bekæmpes med de nuværende lægemidler. Det er derfor nødvendigt at udvikle nye antibiotika, og det er oplagt at finde disse i skimmelsvampe, da de har et stort genetisk potentiale til at lave bioaktive stoffer. Dette potentiale bliver dog langt fra forløst i laboratoriet, hvor kun ~20-25 % af de ansvarlige gener kan knyttes til et produkt. Dette skyldes, at de ansvarlige gener er slukkede og kun vil blive aktiveret under særlige forhold. De slukkede gener kan aktiveres ved at udsætte svampene for forskellige vækstbetingelser eller genetisk manipulation, hvorefter svampenes metabolome, transcriptome eller proteome typisk vil blive undersøgt med tidskrævende og omkostningsfulde metoder.

For at undgå denne flaskehals vil jeg udvikle en fluorescensplatform til at visualisere, hvornår de slukkede gener bliver tændt i to skimmelsvampe, Fusarium graminearum og F. solani. Denne metode vil tillade, at et næsten uendeligt stort antal forhold kan blive undersøgt, hvorved de aktiverede forhold vil blive identificeret. Nye stoffer vil blive isoleret ved at dyrke svampene under disse forhold, hvorefter stofferne vil blive testet for antibiotisk effekt imod et panel af relevante bakterier. På denne måde vil projektet tilvejebringe nye stoffer med antibiotisk effekt, der har potentiale til at bekæmpe multiresistente baktier.  

Contact


Project leader: Jens Laurids Sørensen

Aalborg University
Department of Biotechnology, Chemistry and Environmental Engineering
Fredrik Bajers Vej 7H
9220 Aalborg  East
Denmark

Tel.: ( 45) 9940 8524
Email: jls@bio.aau.dk

CV and publication list
 

Scientific Focus

My research focuses around fungal secondary metabolites, including biosynthesis, detection and toxicity. I am developing new analytical methods for detection for compounds using HPLC-UV, LC-MS and LC-MS/MS.